1558 gehörte die Medizinische Fakultät zu den Gründungsfakultäten der Universität Jena. Pharmazie im modernen Sinne betrieb man dort zwar nicht, dafür aber einen Medizinischen Garten (Hortus Medicus) zur Gewinnung von Heilpflanzen und „allen Studiosis Medicinae zum besten“. 

In seinem Jenaer Laboratorium realisierte Hans Knöll 1942 das erste labortechnische Verfahren zur Herstellung von Penicillin auf dem europäischen Festland. 1950 entstand aus dem Labor Knölls das Unternehmen Jenapharm. Heute ist Jenapharm in Deutschland Marktführer im Bereich orale Kontrazeption, gehört zu den führenden Unternehmen in der Hormonersatztherapie und hat sich auf Frauengesundheit spezialisiert. 

Die Jenaer setzen auf die traditionell enge Zusammenarbeit zwischen Biotechnologie, Medizintechnik und Optischen Technologien am Standort. Wie erfolgreich sich damit arbeiten lässt, zeigt beispielsweise die Alere Technologies GmbH. Sie wurde 1998 als Start-up gegründet und produziert heute international erfolgreich für die Forschung und Diagnostik. Ebenfalls ein Jenaer Erfolgsgarant: Die Carl Zeiss MicroImaging GmbH. Als führender Hersteller von Mikroskopsystemen bietet das Unternehmen Komplettlösungen für biomedizinische Forschung, Gesundheitswesen und Industrie an.

Auf dem Jenaer Beutenberg sind zahlreiche Forschungseinrichtungen versammelt. Dazu gehören unter anderem das Leibniz-Institut für Naturstoff-Forschung und Infektionsbiologie – Hans-Knöll-Institut, das Leibniz-Institut für Altersforschung – Fritz-Lipmann-Institut, das Zentrum für Molekulare Biomedizin und das Institut für Virologie und Antivirale Therapie der Friedrich-Schiller-Universität Jena, die Max-Planck-Institute für Biogeochemie und für Chemische Ökologie sowie die BioCentiv GmbH. Hinzu kommen renommierte Forschergruppen, wie z.B. das Zentrum für Innovationskompetenz Septomics (Sepsisforschung) und die Jenaer BioChip-Initiative. 

An der Friedrich-Schiller-Universität Jena werden Biologen, Biochemiker, Pharmazeuten und Ernährungswissenschaftler ausgebildet. Sie schnuppern zeitig Praxisluft, beispielsweise an der im Rahmen der Exzellenzinitiative geförderten Graduiertenschule „Jena School for Microbial Communication“. Auch die Absolventen des Fachbereichs Medizintechnik und Biotechnologie der Fachhochschule Jena sind begehrte Nachwuchskräfte. 

Gründer können mit Unterstützung der BioCentiv GmbH in speziellen Labors des BioInstrumentezentrums oder im Technologie- und Innovationspark (TIP) Jena ihre Pläne verwirklichen. Ein Erfolgsbeispiel: die Wacker Biotech GmbH, ehemals Ausgründung des Hans-Knöll-Instituts und seit 2005 100-prozentige Tochter der Wacker Chemie AG, mit ihrer neuen Produktionsanlage für Biopharmazeutika in Jena.